В данной ситуации не логично было физику сдавать декларацию по не полученным доходам, во-первых, а во-вторых НДФЛ не должен платиться в ходе процедуры, т.к. это отчетность физ. лица, вне зависимости от того, на какой системе был ИП. Это связано с исключением его из реестра как ИП.