Из Постановления Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 22 июня 2006 г. N 22 О порядке погашения расходов по делу о банкротстве :
"Судам следует учитывать: в случае, когда недостаточность имущества должника (в том числе имущества индивидуального предпринимателя, на которое может быть обращено взыскание), а также отсутствие или недостаточность финансирования заявителем, арбитражным управляющим или иным лицом процедур банкротства приводят к невозможности их дальнейшего осуществления (в том числе в связи с неназначением арбитражного управляющего в течение длительного срока), дело о банкротстве подлежит прекращению на основании пункта 1 части 1 статьи 150 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации, в том числе по инициативе суда."
В вашем случае,если УФНС обратился с ходатайством в АС о преходе на упрощенку и суд это ходатайство удовоетворит,то в своем решении судья должен указать лицо,которое оплачивает расходы по процедуре.
Либо это собственники (учредители) Муниципальной некоммерческой организации,т.е.местное муниципальное образование.
Либо это тот же ФНС,как единственный кредитор.
А если никто не собрается платить,то конечно же - см.Пленум ВАС № 22.