Я естественно не знаю, как работают другие специалисты, но при анализе той или иной ситуации изначально просчитываю, как должно быть все на самом деле в соответствие с буквой закона.
После этого выясняю, а какие цели стоят перед нами.
В том случае, если достижение целей при применении закона не получается, думаю над тем, где нужно отступить от требований закона и кто меня на этом будет ловить.
Исходя из этого определяю как нужно организовать документооборот, чтобы риск быть пойманы свести к нули, а уж если поймают - доказать, что государство убытков не понесло.
К чему эта лирика? выставляете счет-фактуру физикам? Это нарушении методологии налогового учета. Кто вас может поймать? Налорг в ходе налоговой проверки. Бюджет что-то потерял от этого? Нет, налоги в бюджет уплачены. Следовательно, отступление в данной ситуации от требования закона не привело к негативным последствиям для бюджета - налорги не будут инкриминировать вам совершение налогового правонарушения. Вам удобно вести учет таким образом? если да, то пропишите это в вашей учетной политике для целей налогообложения.