Остаются выплаты, предусмотренные ТК. По-моему там это указано конкретно. Следовательно, все остальное, предусмотренное ТД, отправляется за реестр. Ну и от ситуации, конечно, зависит. Когда были внесены изменения в ТД, на каких основаниях и прочее. Каждая ситуация конкретна.