Отражать нужно, только возмещать реально налоговая не будет, а произведет зачет, т.к. у Вас , наверное ,есть реестровая задолженность по НДС, а НК запрещает возврат при наличии долга. Но в конце процедуры можете налоговой отдать на сумму меньше этого НДС. Но это , честно говоря, не каждый судья...