Конечно обжаловать!
1. Росреестр должен был подавать заявление о несоответствие АУ, обосновать его, сообщить данные сведения.
2. Сам факт нарушений, которые были 2 года назад не дает право суду произвольно вести суждения о "некомпетентности". В противном случает, имеет место запрет на...