Могут...
А могут и не применить...
И более того есть решения ВС (и не только ВС, практика по стране), где задаток рассчитанный неправильно (не от начальной а от текущей) считался ненадлежащим образом уплаченным...
В цитируемом Вами определении ВС несколько косяков, в том числе непрозрачная система определения задатков (ни одна заявка кроме одной не была допущена из за задатка), неправильная продажа (предмет торгов вообще нельзя было продавать), превышение задатка над минимально возможной ценой в миллионы раз (абсурд безусловно)...
Но например в моем случае при твердом задатке в 90000 рублей (сумма зафиксирована в табличке на торговой площадке, входила в состав предложений о порядке продажи, утвержденных комитетом кредиторов) и минимально возможной цене в 360000 рублей участник дает цену 500007 рублей и платит задаток 36000 рублей - каким образом его права были нарушены утвержденным задатком в 90000 рублей (менее 20 % заявленной им цены)...
Так что поищите практику по фиксированному задатку - удивитесь насколько ее много положительной (в том числе дошедшей до ВАС и ВС)...