Неважно, главное договор не расторгнут, а значит все эти три года не было оснований требовать возврата предоплаты. Даже если условия договора таковы, что предусмотрен штраф за задержку платежа, его нельзя зачесть в предоплату, так как введено банкротство. Обратитесь к юристам, возможно условия...