Не знаю, можем ли мы далее в этой теме обсуждать возникший вопрос, но я Вам отвечу так, Вадим:
1. Абзац 12 Положения 2-П: "При недостаточности денежных средств на счете прием расчетных документов и списание денежных средств осуществляется в соответствии с законодательством РФ и договором."
Поэтому банк не примет платежное поручение плательщика при недостаточности денежных средств на счете плательщика только в том случае, если в договоре на РКО об этом договорились плательщик-клиент банка и банк! Такой отказ будет не безосновательным: в договоре же прописано и плательщик с этим согласился при его подписании (в частности, в нашем банке, в некоторых договорах об открытии спец. банковских счетов мы это условие предусмотерли). (Это не будет касаться платежей по налогам, в соответствии с НК РФ.)
2. В рассматриваемом случае денежных средств недостаточно у плательщика на счете, а не у банка (если бы боло недостаточно днежных средств на корр. счете банка - это уже другая история).
3. Как я понимаю, в соответствии с условиями Вашего договора на РКО, Ваш банк не сможет отказать в принятии к исполнению и помещению в картотеку платежного поручения при недостаточности или отстутствии денежных средств на Вашем счете.
4. Как это не принимать платежку, но поместить её в картотеку?

Есть лишь два варианта при недостаточности/отсутствии средств на счете плательщика: принять на исполнение по мере поступления денежных средств (картотека) или не принять вообще.
И еще раз, по поводу п. 3.6., 3.7. 2-П: они регулируют механизм помещения в картотеку ПРИНЯТОГО банком платежного поручения. Частично оплачено может быть платежное поручение ПРИНЯТОЕ банком к исполнению и помещенное в картотеку.
(Скажите пожалуйста как сделать цитату поста?

)