Давайте вот это почитаем.
В соответствии с положениями п. 1 ст. 2 ГК РФ предпринимательская деятельность - это самостоятельная, осуществляемая на свой риск деятельность, направленная на систематическое получение (прибыли) дохода от пользования имуществом, продажи товаров, выполнения работ или оказания услуг лицами, зарегистрированными в этом качестве в установленном законом порядке.
При этом при регистрации гражданина в качестве индивидуального предпринимателя нового лица (субъекта права) не возникает. Гражданин лишь приобретает ряд дополнительных возможностей по реализации своей правоспособности (ст.ст. 17, 18 ГК РФ).
ГК РФ также не разделяет имущество физического лица на имущество, принадлежащее ему исключительно как гражданину, и имущество, принадлежащее ему как индивидуальному предпринимателю. Соответственно, получение статуса индивидуального предпринимателя не обособляет какую-либо часть имущества гражданина, поскольку факт государственной регистрации физического лица в качестве предпринимателя не создает самостоятельное отдельное лицо с обособленным имуществом (как, например, происходит в случае образования юридического лица), а предпринимательская деятельность гражданина, по-прежнему, является деятельностью самого гражданина с особенностями, касающимися такой деятельности и предусмотренными, в том числе в сфере налогообложения (постановление Восьмого арбитражного апелляционного суда от 22.08.2012 N 08АП-5043/12)
ГАРАНТ.РУ:
http://www.garant.ru/consult/business/423113/#ixzz3BZuPNHl2
Речь идет о том, что гражданин не может лишаться права выступать как гражданин после регистрации в качестве ИП. Тут вопрос не в том, что написано в 54 приказе, а в том, что конституционные права гражданина не могут вдруг вот так куда-то исчезать.