Кароче вывод делаю следующий:
Беру все расходы понесённые за год: аренда, почта, интернет, телефон, канцелярия, покупка оргтехники, обслуживание оргтехники, бензин, взносы в СРО и т.д. и т.п.
Вычитаю эти расходы из всех полученных сумм связанных с выполнением работ как АУ из получившейся суммы рассчитываю сумму налога (13%) и вычитаю из неё сумму оплаченных взносов в ПФР, оставшуюся сумму уплачиваю в бюджет.