Или, если учесть, что плательщик НДС все-таки ю/л (должник), то агент платит его (НДС) тогда, когда должен был заплатить плательщик. Тогда это просто лишний контроль за соблюдением ЗоБа и ничего особо неприятного нет?
Агент начисляет, удерживает и перечисляет. Если он этого не делает, получает жалобу в органы за неисполнение обязанностей.
Выжидая наступление очерёдности срока оплаты по НДС, возникшему в ходе КП по "старой" процедуре можно дождаться и завершения процедуры, а очерёдность так и не подойдёт(может, денег просто не хватит). А вот неприятности с органами очень даже реально получить.
Я думаю, что по старым процедурам НДС платится после реестра по ст.142 ибо п.1 ст.4 ФЗ№296 . Федеральный закон от 26 октября 2002 года N 127-ФЗ "О несостоятельности (банкротстве)" (в редакции настоящего Федерального закона) применяется арбитражными судами при рассмотрении дел о банкротстве, производство по которым возбуждено после дня вступления в силу настоящего Федерального закона.
296-ФЗ здесь совершенно ни при чём, т.к. порядок уплаты изменился на основании другого закона, который внёс поправки в НК РФ. Все агентские платежи Вы платите и по "старым" процедурам независимо от срока возникновения. С 2009 г. НДС стал из "обычного" налога агентским платежём.
а как на счет того, что деятельность ау в деле о банкротстве не является предпринимательской
А разве арбитражным управляющим может быть лицо, не являщееся предпринимателем? Или АУ доход систематически получать в ходе процедур не стремится и ничем не рискует?

АУ является предпринимателем, который в ходе процедуры КП приобретает и исполняет обязанности руководителя организации.
п. 2 ст. 182 ГК РФ - не являются представителями лица, действующие хотя и
в чужих интересах, но от собственного имени (коммерческие посредники, конкурсные
управляющие при банкротстве, душеприказчики при наследовании и т.п.), а также лица, уполномоченные на вступление в переговоры относительно возможных в будущем сделок. Так что КУ не является директором, он действует в интересах юр.лица и от своего имени.